菌絲外觀上呈白色絨毛狀，表面有一層白色結(jié)晶物。組成靈芝菌絲體的菌絲依其來源和形態(tài)可以分為三種：

    1.初級菌絲：或稱一次菌絲。由擔(dān)孢子萌發(fā)后直接發(fā)育的菌絲，在每一個細(xì)胞內(nèi)只有一個細(xì)胞核，菌絲較細(xì)，在整團(tuán)菌絲中沒有鎖狀聯(lián)合。鎖狀聯(lián)合是擔(dān)子菌菌絲特有的結(jié)構(gòu)，是菌絲線形細(xì)胞分裂的一種方式。初級菌絲依靠孢子內(nèi)貯存的營養(yǎng)來維持生長，故壽命很短。

    2.次級菌絲：或稱作二次菌絲。它是由不同性別的擔(dān)孢子萌發(fā)的一次菌絲相互融合而成。其中一條菌絲中的一個細(xì)胞核移到另一條菌絲的一個細(xì)胞中，形成一個有不同性別的兩個細(xì)胞核的雙核菌絲。二次菌絲對基質(zhì)的侵染能力較強(qiáng)，并能在基質(zhì)中形成菌絲體。由二次菌絲形成的菌絲體中可見鎖狀聯(lián)合。只要基質(zhì)中營養(yǎng)充分，二次菌絲形成的菌絲體的壽命可以達(dá)到幾年、幾十年。

    3.三級菌絲：或稱作三次菌絲。次級菌絲形成的菌絲體生長到一定階段達(dá)到生理上成熟后，就會有些菌絲在基質(zhì)的表面上扭結(jié)形成原基，由原基再發(fā)育成子實(shí)體。這些構(gòu)成子實(shí)體的菌絲就是三次菌絲。三次菌絲的菌絲體結(jié)構(gòu)與二次菌絲體有很大差別，這種菌絲間隙較小，并出現(xiàn)組織和器官的分化如菌柄、菌傘等。

    靈芝子實(shí)體是一傘形的菇狀物，呈紫紅色或棕紅色。其質(zhì)地幼時為肉質(zhì)，成熟變干后為木栓質(zhì)。子實(shí)體由菌蓋（菌傘）和菌柄構(gòu)成。靈芝的菌傘多在菌柄頂端一側(cè)發(fā)育，菌柄位于菌傘的一側(cè)。

    靈芝菌柄呈不規(guī)則圓柱形，有時稍扁且有些彎曲，生長中的兩個菌柄一旦接觸就很容易長合成為一個粗的菌柄。菌柄呈紫紅色，向光的一側(cè)顏色較深。菌柄的粗細(xì)、長短隨生長環(huán)境條件改變。營養(yǎng)充足時，菌柄發(fā)育較粗，反之，發(fā)育較細(xì)。在通氣良好的條件下，菌柄發(fā)育得很短，在氧氣不足、二氧化碳濃度大時，菌柄發(fā)育細(xì)長。

    靈芝子實(shí)體的菌蓋和菌柄的內(nèi)部結(jié)構(gòu)是相似的，但菌柄無菌管層，它們的微結(jié)構(gòu)如下：

    1.皮殼層：由三層構(gòu)成：

    （1）外層是由許多排列緊密、比較粗的菌絲組成。菌絲的尖端向外平行排列成柵狀，與菌蓋垂直，細(xì)胞壁較厚，內(nèi)充滿樹脂及色素，構(gòu)成蓋面的顏色及油漆狀的光澤。

    （2）中層是由粗大的厚壁菌絲交織排列而成。菌絲內(nèi)部有棕紅色的樹脂質(zhì)，可使菌蓋呈現(xiàn)顏色。蓋面顏色呈紫紅色的子實(shí)體，其中層較厚。發(fā)育不夠正常、蓋面顏色較淺的子實(shí)體，其中層較薄。

    （3）內(nèi)層是由一些不含有樹脂質(zhì)或色素的菌絲交織組成。其細(xì)胞壁也比較厚，是皮殼到菌肉的過渡帶。

    2.菌肉層：由一些液泡體積較大的菌絲交織組成，由于這些菌絲排列松散，稀疏地交織在一起，間隙較大，使菌肉呈現(xiàn)出木栓質(zhì)的特征。

    3.菌管層：由許多平行排列的管狀結(jié)構(gòu)組成。菌管壁是由許多菌絲平行排列而成。這些菌絲末端皆膨脹如大茄梨形—擔(dān)子。擔(dān)子壁很薄，細(xì)胞質(zhì)稠密，內(nèi)含兩個細(xì)胞核。隨著子實(shí)體的生長，擔(dān)子也逐漸成熟；擔(dān)子內(nèi)的兩個細(xì)胞核相互融合成一個核，完成核配，繼而連續(xù)進(jìn)行兩次有絲分裂，完成減數(shù)分裂，產(chǎn)生四個子細(xì)胞核。同時，擔(dān)子小梗成錐體狀，頂端尖，在這個尖頂處又膨大產(chǎn)生一個卵圓形的擔(dān)孢子。當(dāng)擔(dān)孢子發(fā)育成熟后，在擔(dān)孢子與擔(dān)子小梗尖處產(chǎn)生一個液泡；液泡吸水膨脹至破裂，擔(dān)孢子則被液泡破裂時產(chǎn)生的機(jī)械力量彈射到菌管的空腔中，并分散出去。

孢子在顯微鏡下觀察到的擔(dān)孢子呈卵形，棕色，約（8-2）μmX(5-7)μm大小。孢壁雙層，外壁平滑、無色透明，內(nèi)壁深棕色，有小棘突。由內(nèi)壁保衛(wèi)的空強(qiáng)里面充滿濃稠的細(xì)胞質(zhì)，細(xì)胞質(zhì)中有一個細(xì)胞核和一個黃色至亮黃綠色的油滴（見圖24）。在電子顯微鏡下，孢壁外層表面有許多小凹坑及小孔。